这些年随着局势的日益严峻，因为不相信文武百官，朱由检还频繁地调整官吏，十几年间他竟然换了17个刑部尚书和50个内阁大学士。造成国家人才匮乏，有心报国的志士既不肯也不敢请缨效命。无奈之下，朱由检只好培植私人势力，重新起用大批太监。与此同时，朱由检虽屡下罪己诏，然苛捐杂税层出不穷，民不聊生，而明末的众多农民起义也正是其贪财苛政最严重的后果。

此外，在辽东战局屡败之时，不纳周皇后迁都之谏而丧失了最后的机会；而从南朱由检的滥杀也日趋严重，总督中被诛者七人，巡抚被戮者十一人。到了关键时刻哪里还有地方官员愿意跟随这位刚愎自用的皇帝。

毛钰虽未穿越者，但也是朱由检率先发难才导致毛钰彻底背离的。当初李自成还没有做大，毛钰还没有进入辽东，毛钰控制了大明沿海，平定了大明东南，却得不到应收的尊重。

当初清军还很强大，朱由检亦知不能两面作战，私底下同意议和。但明朝士大夫鉴于南宋的教训，皆以为与满人和谈为耻。因此朱由检对于和议之事，始终左右为难。大好的机会就这样白白流失，而东巡辽西导致了局势变化，毛钰也不得不提前出手。逼迫孙传庭剿匪，也导致了孙传庭仓促之间失败，以至于李自成一发不可收拾。

大学士李建泰投降，李自成部开始包围北*京，明王朝面临灭顶之灾。明军在与农民起义军和清军的两线战斗中，屡战屡败，早已完全丧失战斗力。

三月十七日，农民起义军围攻京城。十八日晚，朱由检与贴身太监王承恩登上煤山，远望着城外和彰义门一带的连天烽火，只是哀声长叹，徘徊无语。李自成军攻入北*京。太监王廉急告皇帝，崇祯在宫中饮酒长叹：“苦我民尔！”太监张殷劝皇帝投降，被一剑刺死。崇祯命人分送太子、永王、定王到勋戚周奎、田弘遇家。回宫后写下诏书，命成国公朱纯臣统领诸军和辅助太子朱慈烺。又命周皇后、袁贵妃和3个儿子入宫，简单叮嘱了儿子们几句，命太监将他们分别送往外戚家避藏。他又哭着对周皇后说：“你是国母，理应殉国。”周皇后也哭着说：“妾跟从你14年，陛下没有听过妾一句话，以致有今日。现在陛下命妾死，妾怎么敢不死?”说完解带自缢而亡。朱由检转身对袁贵妃说：“你也随皇后去吧!”袁贵妃哭着拜别，也自缢。朱由检又召来11岁的长平公主，流着泪说：“你为什么要降生到帝王家来啊!”说完左袖遮脸，右手拔出刀来砍中了她的左臂，接着又砍伤她的右肩，她昏死了过去。同时也挥剑刺死了自己年仅2岁的么女—昭仁公主。

朱由检又砍死了妃嫔数人，并命令左右去催懿安张皇后自尽。