此后，郑芝龙驱逐海盗，功绩显著，官职也越做越高。与此同时，他也借助与明朝合作，驱逐海上其它势力，完全控制了东海制海权，已经没有对手，沿海的贸易权全由他操纵。
连令明朝头疼不已的荷兰人，想要在沿海做贸易，还要和郑芝龙商谈。
那时郑芝龙的势力有多大呢？在东海航行的船，如果不竖郑芝龙的大旗就没法安全航海，如果要竖他的旗帜，每艘船必须要缴纳2000白银。
这些说明了什么？在大航海时代，我国曾经和世界上最强者不分上下，甚至占了上风，也是东亚海洋博弈的深度参与者和主导者，并没有缺席。
夺取厦门时，为了打败俞咨皋和许心素，打造了一支按照“荷兰人的模式”建造的舰队。舰队中的船只不论是坚固程度还是火炮数量均要比一般的战船强上许多。这是由于郑芝龙年轻时曾在澳门打拼，其女婿便是澳门铁匠的儿子。而且郑芝龙还曾替荷兰人劫掠到吕宋贸易的中国帆船。所以郑芝龙可以凭借与洋人独特的关系从澳门和荷兰人那里获得大量的红夷火炮，以至其战船所配的红夷炮数量非一般倭寇、海盗可比。荷兰人曾记载：“有人曾说，在这个国家（中国）以前从未有人像一官一样按我们荷兰模式建造庞大精致、装备精良的帆船及舰队，他还在船上装配了一部分能被拖动、带有环栓、置于双层甲板的大炮。”
明政府也有官员登上了郑芝龙的战船，并将其武备记载了下来：“阅其战舰，坚原如铁城，每船可安置大铳二十四位。”按上述史料记载，郑芝龙战船的双层甲板均装备带有环栓能够拖动的火炮，其一艘战船上就配备了24门红夷大炮，而当时明军的战船上至多也只有6~8门，郑芝龙战船上的大型火炮数量是明军的3倍以上，这使得明军水师在面对郑芝龙的舰队时很难有抵抗的能力。
郑芝龙的船只大多是从事远洋贸易的大型“洋船”。这里“洋船”指的是从事远洋贸易的帆船，在外文文献中也被称为“戎克船”，泛指中国帆船。这种船只制造精良，体形硕大。据巴达维亚城日记记载，1625年（天启五年）1月24日，一艘驶往巴达维亚的中国帆船途经台湾，其载重达到600吨，乘员达480人，排水量更是一般明军小型战船的数倍。
除洋船外，郑芝龙还有两种专门用于作战的战船——乌尾船和鸟船。其中乌尾船体型最大，可承载三四百人，是一种大型的桨帆船，属于广船的一种。长10丈，阔3丈有余，板厚7寸。嘉靖年间，乌尾船虽然体型庞大，木料坚厚，但“外少墙壁、内多栏盖，橹人难立，火攻易燃”，在接弦战中存在很大弊端。到了明代后期，侯国弼针对广船的缺点，将其制改为“底用广船式，上用福船面”，在船体两旁加装了高大的护板，四周还可以悬挂渔网、生牛皮等，以防矢石、铳子、火烧。改制后的广船船头与船尾都设有战棚，高过福船，其两旁多橹，又比福船行动更加快速。时人郑大郁在《经国雄略》中对该船这样描述：“广船（包括乌尾船在内），坚而且大，头稍二处，皆有战棚，高过福船。每船可容百数十人。两艕多橹，进上颇捷。但造船材料用铁栗等木，皆广中所产，价值繁重。故浙直地方，莫能做此造用，若两舟相犯，浙福之船触此即碎。惟其木料坚厚，故可用发熕、佛郎机，不畏震损，海中巨舰，自番舶夹板船而下，则广船为第一。”
虽然乌尾船各项指标都十分有益，但是因其造价高昂，数量在舰队之中最少。在冲锋时，多担任先锋冲犁敌船，与敌人接弦展开白刃战。而与敌人在远距离进行火炮对射任务，则是由舰队中的另一种船只—鸟船来承担。
鸟船（形制与快船相同，体型稍大）从嘉靖时的开浪船发展而来，开浪船的船身很小，其以头尖而得名，吃水仅三四尺，四桨一橹，其形如飞，船内只能容三五十人。万历时鸟船逐渐大型化，福建沿海海商经常用此船载货去各地贸易，其“船身长，安两艕，有橹六支，尾后催稍橹两支，不畏风涛，行使便捷”。这时的鸟船船身两旁从4桨变为6橹，尾后也增加了1支橹，其推进力得到增强。也有两旁无橹的鸟船。
到了崇祯年间，鸟船的船体相对于嘉靖、万历时期的鸟船大上许多，其身长已经达到了7丈5尺，而且橹设在船尾，两旁并不设橹。何汝宾《兵录》载，鸟船“头小肚澎，身长体直，尾有两边，催橹两支，有风扬帆，无风摇橹，转折轻便，篷长橹捷，如鸟之飞也”。鸟船的船身虽然庞大，但速度足与沙船、唬船并驾齐驱。
《福州城图》中所描绘的鸟船是单层甲板的大鸟船。虽然它被称为“鸟船”，但整艘船看上去并不像一只鸟，反而更像一条巨大的怪鱼，船首的前方形似怪鱼的巨口，牙齿长在舌头边，眼睛硕大。桅杆和帆则形似怪鱼的鳍，而高大且向后突出的船尾楼则犹如怪鱼的尾巴。整艘船色彩艳丽，装饰豪华，船头两边牙齿状的东西可能是为防止海贼从船头登船的铁钉，这种在船只薄弱部位设置铁钉的做法，在明代末期比较普遍。《兵录》中就曾记载：“舩（船）斗头用板闸使贼不能乘隙而上，其板定用钉钉出头，使贼不得近板，至于舵襟、橹门及便门，至夜，俱用钉板闸盖。”船两侧有数个炮眼，估计可以安放8~11门大炮。除了单层的大鸟船外，《福州城图》中还有一艘双层甲板的大鸟船。该船船体明显要比单层甲板的鸟船大得多，并且为双层甲板，一侧的炮眼就有9个，照此推算，可以装备18门以上的大炮。按《明档》中所载“职犹记粤东与镇臣郑芝龙破刘香时，阅其战舰，坚原如铁城，每船可安置大铳二十四位”来看，郑芝龙所用战舰配备火炮24门，其体型恐怕比《福州城图》中的大鸟船还要大。
以乌尾船和鸟船为主力，郑芝龙构建了一支强大的舰队，打败了许心素等人，夺得厦门海域的控制权，从而控制了中国的对外贸易。