因为涉及合众国的利益，李明勋没有再强硬，派出使者秘密调停谈判，最终三方达成一致。
首先，郑藩与延平藩合并，奉延平王郑成功为藩主，而郑成功则命郑彩永镇琉球，而这一点是公开的，在秘密环节，郑彩不得再派兵前往大陆，并且完全放开琉球与舟山之间的贸易，也不得触碰延平藩在琉球的固有利益。
当然，郑彩入主琉球之后，军政事务直接向李明勋的统帅部汇报，实际上，就是郑彩替合众国占领琉球，以便将来合众国拥有琉球，而李明勋则答应，允许郑彩另外一子改名之后在合众国经商，而且郑彩获得成为元老的机会。
实际上，郑彩已经退出了明清战争，秘密加入了合众国国籍，为合众国，也为他自己而战。
如此，东南之变所有的事情才全部解决，当然，这是在朱明朝廷内部，合众国与延平藩的问题才刚刚开始，在郑成功公然拒绝了加入抗清御虏统一阵线之后，元老院颁布了《与延平藩关系法案》，在这个法案之中，合众国宣布了对延平藩的封锁和禁运，而这一点的目的有三。
其一为报复郑成功在东南的胡作非为，挑起内战。
其二限制延平藩的实力扩张，以免尾大不掉。
其三对日本有个交代，毕竟中日目前是友好关系，而延平藩与日本处于战争状态，如果合众国与延平藩交好，那就会影响中日关系，一面是帮助似友非友的延平藩，一面是壮大自身，李明勋很容易做出选择。
按照颁布的《关系法案》，统帅部首先取消东南战区和江南战区，监国不存在了，东南战区自然也就没了，合众国有权利对江南、浙江和福建三省发动战争，而延平藩也有权利对山东、天津和辽东作战，双方不再划分势力范围，也不承认势力范围。
东南战区没了，配合东南作战的合众国江南战区也要撤销，合众国与延平藩只是战略盟友而不是真正盟军，双方最大的配合也就是共同对满清宣战，并且在对方开战的时候趁机发动攻势，像两广会战一样，组织盟军统一指挥就是妄想。郑成功对李明勋都不忿，更不可能接受其他人的指挥了。
江南战区撤销的第一步就是放弃崇明要塞，崇明要塞的最大意义是堵住长江口，不让清军水师出来，显然清军通过大运河机动，可以进出杭州湾，意义已经不大了，而且其原本是作为舟山防线的最前线，那个时候，为盟友监国而战，义不容辞，现在为延平藩而战，那就是热脸贴冷屁股，一厢情愿。
江南舰队也要进行改编，两支桨帆战队降低为一支，另外一支调拨北洋战区，风帆舰队加强两艘重巡洋舰，增强远海作战能力，泗礁山上的行政、司法等人员全部撤回台湾，泗礁山只留下赵三刀继续担任舰队司令兼守备长官。
江南战区的原本主要长官进行了调整，许长兴作为长老，回到台北担任重要职务，赵三刀继续留在泗礁山，总责一切，顾三在舟山之战中与清军辽东水师作战，受伤较重，而且年纪渐长，有些力不从心，退役前往台湾，担任台湾行政区海上警备队总长官，至于崇明要塞守备司令塔克图，李明勋给这位困守崇明达到十年之久的好汉子一年的假期，假期完成后，前往青岛，担任青岛要塞守备长官，解放出武行，组建陆军新的作战师。
当然，合众国并没有完全不讲情面，在放弃崇明之前，向延平藩提出由其接防，但郑成功选择了放弃，他也缺少兵力，除了缺兵，郑成功更没有信心在长江水道战胜满清水师。
未免崇明要塞为满清所用，乌穆率领陆战队发动了一场对崇明的登陆作战，将崇明守军与崇明三万多百姓一同撤离，并且拆毁了崇明要塞，郑成功也知道崇明拆除后，日后进出长江就很方面，也给予了配合，在杭州湾方向发动了袭击，牵制了满清的水师。
而除了江南战区撤销，另外就是严格限制国内商人与满清的走私贸易，以往东南各藩都做与满清的走私贸易，从合众国商人手中购买粮食、香料、木材、宝石等南洋货物，贩卖到大陆，购买生丝、丝绸、瓷器等中国商品，在这个过程中，满清官将、东南藩镇和中国商人都得利，而合众国却抽不到一点税，相反还要承担满清军力提升的损失。
延平藩主郑成功对以往东南藩镇这类举措是深恶痛绝，认为不仅损害抗清大业，还消磨军队的作战意志，但其主政东南之后，为了获得财力，也是大规模进行走私，直接打了自己的脸，现在一切结束了，元老院直接限制合众国船只前往包括舟山在内的东南岛屿，宣布不得主动前往延平藩势力范围进行贸易，经过东南海域前往青岛、济州、永宁方向的船只，货物必须记录在案，一旦到港之后，出现较大差距，则被视为走私，而在舟山方向，中国船只唯一能停靠的就是泗礁山港。
当然，延平藩可以主动派船前往台北采购物资，但粮食、铁、火药、棉布等一切军用民用物资，都必须要严格限量，数量根据舟山百姓数量而定，以免其购买之后，走私给满清。
但此举限制了中国海商，却限制不了国外海商，特别是荷、英、葡、西四个殖民国家，因为合众国有到港统计货物的制度，且对所有走私船只进行查处，所以这四个国家往往派遣商船直接从自己的港口或者中立国港口采购物资前往舟山贸易，只是因为船只有限，所以效率低下，成本提高，数量也大为降低。
但无论怎么说，比以往监国时代好的多，那个时代，东南藩镇是什么都敢往大陆走私，甚至包括火器弹药，而郑彩前往琉球之前，还揭发在中荷战争结束后，荷兰东印度公司还通过舟山向满清走私火炮，提供铸炮匠人和雇佣兵。到了延平藩时代，类似直接提升满清军队实力的走私休止了。
东南事了，抗清战争翻开了新的篇章，西南秦藩，两广二李，东南延平藩，三雄并立！